過去の大戦でジャドウは妹ヒロとの
一騎打ちを繰り広げ、激しくぶつかりあった。
だが決着は二人の手ではなく三勇者の一人
シフォンの手によってジャドウを
背後から刺し貫くという形で、幕を閉じた。
瀕死のジャドウは妹ヒロの鎌、
ゲート・オブ・ヘブンとリトル・スノーの力で、
リトル・スノー自らと共に封印されることとなる。
戦乱の世は去り、世界は平和に向かっていた。
しかし、大地に刻まれた傷跡は深く、今だ癒されずにいた。
特に、過去の戦乱で異界の魂と呼ばれる者を
召喚するために失われた魔力は計り知れず、
そのために世界のバランスは崩れ、
モンスターが凶悪化し、大きな問題となっていた。
神は、人に代わる新たな種として、ヒトゲノムを作り出した。
その中で１人、もっとも世界の知識を与えられた者がいた。
彼はすべての知識が得られると言われている
「アカシックレコード」
があるとされるスペクトラルタワーへと向かい、
その力を手に入れる。
リトル・スノーは封印の中で、そのヒトゲノムが
アカシックレコードの力を手に入れたことを感じとる。
使う者によっては世界を破滅させかねないその力に危機を感じ、
自らに科した封印を解く決意をする。
安息の封印の中で、ジャドウの憎しみに
染まった心も徐々に変化していく。
そしてリトル・スノーと共に、そのヒトゲノムと、
その力の源であるアカシックレコードに
封印を施すために、旅に出る決意をする。
ジャドウに施された封印にはスノーの力も
関係している為、一足先に旅にでるスノー。
彼女は立ち寄った地下施設で自分と同じ
「異界の魂」の気配を感じ取る。
その気配をたどり行き着いた先で、
彼女はゼロスと出会うこととなる。
彼の歩む先に、自らの進むべき道を
見た彼女は彼と行動を共にすることとなる。
コントラクター（請負人）を生業とするゼロスは
ある遺跡調査の仕事を依頼される。
そこで手にしたのは、強大な魔力を秘めた秘石
「コア・エレメンタル」であった。
コントラクターとしての仕事を請けつつ、
各地の遺跡調査を始めるゼロス。
そこで目にする数々の
「コア・エレメンタル」。
そして、それを追うようにして現れるヒトゲノムたち。
――ヒトゲノムは神が人に代わる新たな種として作り出したもの――
ある者は力を欲し、
ある者は種の抹殺を、
ある者は奪われたものを
取り戻すために、
ゼロスの前に現れる。
ヒトゲノムとの戦いを通じ自らの出生の秘密に迫っていくゼロス。
その果てに行き着いた先はゼロスが生まれた場所であった。
そして、
戦いの果てにゼロスは自分の存在理由を知るのであった……。
